Nato nel 1885, dal 1951 il museo ha sede nel settecentesco palazzo Moriggia, progettato nel 1775 da Giuseppe Piermarini a ridosso del vasto complesso di Brera. Già sede, in epoca napoleonica, del Ministero degli Esteri e, in seguito, del Ministero della Guerra, il palazzo, passato nel 1900 alla famiglia De Marchi, fu donato al Comune di Milano dalla moglie del celebre naturalista Marco De Marchi e in quell'occasione destinato a sede museale.Attraverso un articolato insieme di materiali composti da stampe, dipinti, sculture, disegni, armi e cimeli, le collezioni illustrano il periodo della storia italiana compreso tra la prima campagna di Napoleone Bonaparte in Italia (1796) e l'annessione di Roma al Regno d'Italia (1870). Il percorso espositivo è ordinato cronologicamente e si snoda attraverso quindici sale tematiche a cui si aggiungono due sale destinate alle esposizioni temporanee. L'ultimo allestimento risale al 1998 quando, mantenendo intatta la sequenza cronologica, furono ripensate le strutture espositive permanenti, destinate ai nuclei salienti delle collezioni, e in particolare i cimeli dell'incoronazione di Napoleone in Italia (il manto verde e argento e le preziose insegne regali), lo stendardo della Legione Lombarda Cacciatori a cavallo, il primo Tricolore italiano, per fare solo qualche esempio. In questa occasione sono stati riprogettati il sistema di illuminazione e il corredo didascalico, e recuperato il retrostante «Giardinetto romantico».
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